Alajärvellä on seitsemän alakoulua ja yksi yläkoulu.

Paavolan koulu ja Alajärven yläkoulu sijaitsevat Alajärven keskustassa. Myllykankaan koulu, Alakylän koulu ja Ylikylän koulu toimivat Kurejoen alueella. Myös Hoiskon ja Paalijärven kylissä on oma kyläkoulu. Taimelan koulu sijaitsee Lehtimäellä.

Vimpelin kunnassa perusopetusta järjestetään Aapiskujan koululla ja Vimpelin Yhteiskoululla.