Alajärvellä on yhdeksän alakoulua ja yksi yläkoulu.

Paavolan koulu ja Alajärven yläkoulu sijaitsevat Alajärven keskustassa. Myllykankaan koulu, Alakylän koulu ja Ylikylän koulu toimivat Kurejoen alueella. Myös Hoiskon, Luoma-ahon, Uusikylän ja Paalijärven kylissä on jokaisessa oma kyläkoulunsa. Taimelan koulu sijaitsee Lehtimäellä.

Vimpelin kunnassa perusopetusta järjestetään Aapiskujan koululla ja Vimpelin Yhteiskoululla.